Скесса с Залива Наттфари — Трётли (тролли) — Сказки — Северная Слава
Скесса с Залива Наттфари — Трётли (тролли) — Сказки — Северная СлаваВ старые времена в Заливе Наттфари у хутора Холодная Щека было рыбное место. Рассказывают, что однажды туда отправились ловить рыбу какие-то рыбаки, неизвестно, сколько их было, но из них всех силой и ловкостью выделялся один, по имени Ингимунд. Он был выше ростом, чем остальные, не робкий и отважный, но всё же мягкого нрава.
На скале в этом заливе, в пещере жила скесса, которая часто показывалась там днём, но никому не вредила. Ниже входа в пещеру, под скалой рос большой куст дягиля, который хотели бы добыть рыбаки, но не отваживались из-за скессы1.
Однако, как-то раз они собрались множеством, поднялись к кусту дягиля и начали копать. Это прошло без последствий, и им удалось выкопать много корней, которые они сложили в одну кучу. И они стали насмешничать и говорить, что скесса, наверное, крепко заснула, раз она не вмешивается в их дела.
Но когда их веселье было в самом разгаре, на скалу вышла скесса и разбросала кучу корней, а все они, смертельно испугавшись, разбежались словно зайцы по своим домам и думали, что своим ногам обязаны жизнью.
А Ингимунд, когда они встретили его, развеселился, услышав о том, как они копали корни. Он сказал, что у них душа женщин, а не мужчин, и что не верит, что скесса подшутит и над ним, если он отправится к кусту дягиля, и загорелся проверить это.
Одним днём он отправился к этому кусту, взяв с собой топор, положил его рядом и начал копать. Через некоторое время скесса вышла на скалу над ним и спросила:
— Ты собираешься долго копать, Мунди?
Он посмотрел вверх и сказал:
— Пока не наполню мешки, старуха.
Тогда она скрылась в пещере, а он продолжил свою работу. Немного спустя она снова появилась и сказала те же слова, но более сердито:
— Ты собираешься долго копать, Мунди?
Он грубо ответил:
— Пока не наполню мешки, старуха.
Она снова исчезла, а он продолжил копать.
В третий раз она пришла, злобно ворча, и спросила:
— Ты собираешься долго копать, Мунди?
Он напустил на себя сердитый вид и сказал:
— Пока не наполню мешки, старуха.
Она присмирела и спросила:
— Твой топор с тобой, Мунди?
Он схватил его, показал ей и сказал:
— Как видишь, он здесь.
Тогда ему показалось, что её гнев весь улетучился:
— Копай, раз тебе так хочется, Мунди, — сказала она и ушла в пещеру.
Ингимунд продолжил копать и привёз домой мешки полные корней. Он рассказал своим товарищам, что, как он и ожидал, скесса не подшутила над ним. Люди считали, что они, наверное, встречались прежде, потому что она испугалась его. Так заканчивается этот рассказ.
1 Дягиль (лат. angelica), причём все его части — корни, стебли и цветы, в старые времена широко применялся в пищу и в качестве лекарства. Помимо этого, корни дягиля использовались для приготовления спиртного напитка, так называемого
© Tim StridmannСказка: Скесса Краука
В давние времена на горе Блауфьядль жила скесса по имени Краука. Следы ее пещеры видны и поныне, но расположена эта пещера так высоко, что люди туда никогда не поднимаются. Краука причиняла много вреда жителям Миватнсвейта, она нападала на скот, крала овец и даже убивала людей.
Про нее говорили, что она неравнодушна к мужчинам и очень тяготится своей одинокой жизнью. Случалось, Краука похищала из поселка мужчин и держала их у себя, однако никому из них она не пришлась по сердцу, и они норовили сбежать от нее и скорей готовы были погибнуть, чем ответить на ее домогательства.
Как-то раз Краука похитила пастуха с хутора Бальдурсхейм, звали его Йоун. Притащила Краука Йоуна к себе в пещеру и давай его потчевать всякой снедью, а он – только нос воротит. Уж она и так и сяк старалась угодить ему, да все понапрасну. Наконец пастух сказал, что не прочь полакомиться двенадцатилетней акулой1. Поворожила Краука, узнала, что такая акула есть только в Сиглунесе, и решила во что бы то ни стало раздобыть для пастуха это лакомство.
А пастух выждал, чтобы Краука ушла подальше, вскочил и бросился наутек. Увидела Краука, что его и след простыл, и пустилась в погоню. Бежит пастух, а у него за спиной камни грохочут – вот-вот догонит его Краука.
– Постой, Йоун! – кричит она. – Вот тебе акулье мясо! Оно пролежало в земле двенадцать лет и еще одну зиму!
Не отзывается пастух, бежит что есть мочи. Прибежал он на хутор, а хозяин его в это время работал в кузнице. Вбежал Йоун в кузницу и спрятался за хозяина, а Краука уже тут как тут.
Выхватил хозяин из горна раскаленное железо и велел Крауке убираться прочь да впредь никогда больше не трогать его людей. Нечего делать, пришлось Крауке убраться восвояси. А вот нападала ли она после этого на хозяина Бальдурсхейма, нам ничего не известно.
В другой раз Краука похитила пастуха с хутора Грайнаватн. Притащила она его к себе в пещеру и давай потчевать всякой снедью. Она-то потчует, а он привередничает, не ест да и только. Наконец пастух говорит, что не прочь отведать свежей козлятинки. Краука знала, что козы есть только в Ахсар-фьорде, и, хоть это было неблизко, решила раздобыть для пастуха козлятины. Однако на этот раз, чтобы пастух не сбежал, она завалила вход в пещеру большим камнем.
Бежит Краука, торопится, добежала она до Ледниковой реки и одним махом, со скалы на скалу, перепрыгнула через реку. С тех пор люди называют это место Прыжком Скессы. Отыскала она в Ахсар-фьорде хутор, где были козы, поймала там двух козлов, связала рогами, перекинула через плечо и тем же путем отправилась домой.
Перепрыгнула Краука через реку и решила отдохнуть. Козлов она развязала и пустила в ущелье пастись – теперь это ущелье называется Козлиным. Отдохнув, Краука взяла своих козлов и пошла дальше.
А про пастуха говорят, что, как только Краука ушла, он решил выбраться из пещеры, но не нашел никакой даже самой крохотной лазейки. Зато ему на глаза попался большой и острый нож великанши. Схватил пастух этот нож и давай долбить им камень, которым был завален вход в пещеру. Продолбил он дыру и вылез наружу, а уж там со всех ног припустил домой. Так и добрался до хутора цел и невредим.
Каждый год на рождество Краука устраивала большой пир. Взяла ее как-то досада, что нет у нее на закуску человечьего мяса, и вот вечером в канун сочельника она отправилась в селение. Однако все верхние хутора Миватнсвейта оказались пустыми, их обитатели уехали в церковь в Скутустадир, потому что в тех местах был обычай служить службу в ночь на сочельник. Рассердилась Краука, что зря проходила, и тоже отправилась в Скутустадир.
В церкви собралось много народу. Подошла Краука поближе и видит, сидит у самой двери мужик. Она протянула руку и хотела вытащить его из церкви, но он уперся и стал звать на помощь. Мужики, что были в церкви, поспешили ему на выручку и всем скопом навалились на Крауку. Однако она крепко держала мужика и ни за что бы его не отпустила, если бы не вывалился кусок церковной стены. Говорят, будто после этого она пронеслась по воздуху, крикнув, что дыра в церковной стене останется навсегда. И слова ее оказались вещими: южная стена в Скутустадирской церкви стоит с дырой и поныне.
Краука так сильно разозлилась на жителей Миватнсвейта, что поклялась отомстить им страшной местью. На пастбищах Миватнсвейта было большое озеро. Краука пришла туда, наломала деревьев, перемешала с камнями и дерном, и у нее получился большой тяжелый плуг. Этот плуг она протащила через весь Миватнсвейт и пропахала глубокую длинную борозду.
– Отныне здесь будет река! – сказала Краука и пустила туда воду. – И доколе в Миватнсвейте живут люди, моя река будет ежегодно затоплять их луга и пашни.
Эта река и поныне течет по руслу, пропаханному великаншей. Люди называют ее рекой Крауки. Нрав у реки коварный и злой. Она ежегодно подмывает берега и заносит покосы песком и глиной. Многие земли там уже брошены, они так и лежат загроможденные камнями, хворостом и корягами – всем, из чего Краука когда-то смастерила свой плуг. Заросли у озера Миватн поредели, теперь там едва хватает леса для сооружения плотин на реке Крауки, и старые сведущие люди говорят, что проклятие Крауки еще долго будет тяготеть над жителями Миватнсвейта.
Сноски:
1. Мясо полярной акулы, пролежавшее в земле двенадцать лет и еще одну зиму, считалось у исландцев лакомством.]обратно
Сказка: Скесса с Залива Наттфари
В старые времена в Заливе Наттфари у хутора Холодная Щека было рыбное место. Рассказывают, что однажды туда отправились ловить рыбу какие-то рыбаки, неизвестно, сколько их было, но из них всех силой и ловкостью выделялся один, по имени Ингимунд.
На скале в этом заливе, в пещере жила скесса, которая часто показывалась там днём, но никому не вредила. Ниже входа в пещеру, под скалой рос большой куст дягиля1, который хотели бы добыть рыбаки, но не отваживались из-за скессы.
Однако, как-то раз они собрались множеством, поднялись к кусту дягиля и начали копать. Это прошло без последствий, и им удалось выкопать много корней, которые они сложили в одну кучу. И они стали насмешничать и говорить, что скесса, наверное, крепко заснула, раз она не вмешивается в их дела.
Но когда их веселье было в самом разгаре, на скалу вышла скесса и разбросала кучу корней, а все они, смертельно испугавашись, разбежались словно зайцы по своим домам и думали, что своим ногам обязаны жизнью.
А Ингимунд, когда они встретили его, развеселился, услышав о том, как они копали корни. Он сказал, что у них душа женщин, а не мужчин, и что не верит, что скесса подшутит и над ним, если он отправится к кусту дягиля, и загорелся проверить это.
Одним днём он отправился к этому кусту, взяв с собой топор, положил его рядом и начал копать. Через некоторое время скесса вышла на скалу над ним и спросила:
— Ты собираешься долго копать, Мунди?
Он посмотрел вверх и сказал:
— Пока не наполню мешки, старуха.
Тогда она скрылась в пещере, а он продолжил свою работу. Немного спустя она снова появилась и сказала те же слова, но более сердито:
— Ты собираешься долго копать, Мунди?
Он грубо ответил:
— Пока не наполню мешки, старуха.
Она снова исчезла, а он продолжил копать.
В третий раз она пришла, злобно ворча, и спросила:
— Ты собираешься долго копать, Мунди?
Он напустил на себя сердитый вид и сказал:
— Пока не наполню мешки, старуха.
Она присмирела и спросила:
— Твой топор с тобой, Мунди?
Он схватил его, показал ей и сказал:
— Как видишь, он здесь.
Тогда ему показалось, что её гнев весь улетучился:
— Копай, раз тебе так хочется, Мунди, — сказала она и ушла в пещеру.
Ингимунд продолжил копать и привёз домой мешки полные корней. Он рассказал своим товарищам, что, как он и ожидал, скесса не подшутила над ним. Люди считали, что они, наверное, встречались прежде, потому что она испугалась его. Так заканчивается этот рассказ.
Сноски:
1. Дягиль (лат. angelica), причём все его части — корни, стебли и цветы, в старые времена широко применялся в пищу и в качестве лекарства. Помимо этого, корни дягиля использовались для приготовления спиртного напитка, так называемого hvannartabrennivn.обратно
ЙОУН И СКЕССА (Исландская сказка)
Жил на севере один крестьянин, который имел обыкновение каждую осень и зиму уезжать на острова Вестманнаэйяр ловить рыбу. У крестьянина был сын по имени Йоун, в то время уже взрослый, парень умный и расторопный. Не раз отец брал его с собой на острова ловить рыбу.
Как-то осенью отец отправил Йоуна на острова одного, потому что сам уже одряхлел и такая работа стала ему не под силу.
Но прежде чем Йоун уехал, отец строго-настрого наказал ему ни в коем случае не делать привала под скалой, возвышающейся на склоне холма, по которому проходит дорога.
Йоун дал отцу слово, что ни беда, ни ненастье не заставят его остановиться в этом месте, и уехал. У него было с собой три лошади – две вьючные и одна верховая. На зиму он собирался оставить их в Ландэйясанде, как обычно делал отец.
Поездка Йоуна шла благополучно, и вот наконец он подъехал к холму, о котором говорил отец. Был полдень, и Йоун надеялся, что до вечера успеет миновать скалу. Но только он с ней поравнялся, как налетел ветер и начался дождь. Огляделся Йоун и увидел, что удобнее места для привала не найти: и травы для лошадей много, и есть где укрыться от ливня. Не мог он взять в толк, почему бы ему тут не заночевать. Думал он, думал и наконец решил остаться.
Расседлал лошадей, стреножил их и вдруг увидел вход в пещеру.Обрадовался Йоун, перетащил туда свои пожитки и расположился поужинать.
В пещере было темно.
Не успел Йоун приняться за еду, как в глубине пещеры раздались вой и плач. Йоуну сделалось жутко, и он призвал на помощь всё своё мужество.
Достал он из мешка с провизией вяленую треску, содрал с неё кожу до самого хвоста, обмазал рыбину маслом и швырнул треску вглубь пещеры, крикнув при этом:
– Эй, кто там, берегись, чтоб не зашибло! А коли хочешь, бери и ешь эту рыбу!
Вскоре плач прекратился, и кто-то начал есть, громко чавкая.
Йоун поужинал и лёг спать. Вдруг зашуршала галька у входа в пещеру. Он пригляделся и увидел страшную скессу (скесса-великанша – в исландских сказаниях – огромная безобразная старуха,живёт в каменных пещерах внутри гор), от неё исходило какое-то странное сияние. Йоуну стало не по себе.
Скесса вошла в пещеру.
– Чую человечий дух в моём доме! – сказала она, прошла вглубь пещеры и сбросила на землю свою ношу.
Своды пещеры дрогнули. Потом Йоун услышал приглушённые голоса.
– Горе тому, кто за добро не заплатит добром, – произнесла скесса и со светильником в руке направилась к Йоуну.
Она поздоровалась с ним, назвалась по имени, поблагодарила за то, что он накормил её детей, и пригласила его к себе в гости. Йоун принял её приглашение, и скесса, подцепив мизинцем ремень, которым были перетянуты его пожитки, перенесла их вглубь пещеры. Там Йоун увидел две постели, на одной из них лежали двое детей. Их-то плач он и слышал. В углу валялась огромная связка кумжи, которую скесса наловила в тот вечер, от этой кумжи и шло призрачное сияние, напугавшее Йоуна.
– На чью постель ты ляжешь, на мою или на детскую? – спросила скесса у Йоуна.
Йоун сказал, что на детскую. Тогда она уложила детей на полу, а Йоуну постелила чистое белье. Он лег и мигом уснул.
Проснулся он, когда великанша принесла ему вареной кумжи. Он ел, а она занимала его беседой и оказалась обходительной и весёлой.
– Уж не собрался ли ты на острова ловить рыбу? – спросила она.
Йоун ответил, что именно туда он и идет.
– Ты уже нанялся на какую-нибудь шхуну? – спросила скесса.
– Нет, – ответил Йоун.
– Сейчас там на всех ботах и шхунах команды уже набраны, – сказала великанша. – Больше они никого не возьмут. Свободное место найдётся только у одного старого бедолаги, который ещё ни разу в жизни не выловил ничего путного. Судёнышко у него ветхое, того и гляди ко дну пойдёт, а гребцы такие же никудышные, как сам хозяин. Дельные люди к нему не идут. Но тебе я советую наняться именно на это судно. Старик не захочет тебя брать, но ты стой на своём, пока он не уступит. Придет время, и я ещё отблагодарю тебя за то, что ты накормил моих детей, а сейчас возьми эти два рыболовных крючка. Один оставь себе, а другой дай старику, и, будем надеяться, на эти крючки клюнет много рыбы.
Только запомни: вам следует выходить в море последними, а возвращаться первыми. И смотрите не заплывайте за скалу, что возвышается над водой неподалёку от берега. Как приедешь в Ландэйясанд, увидишь, что последние суда на Вестманнаэйяр вот-вот отойдут.
Поезжай с ними, а лошадей стреножь и оставь на берегу.
Никому их не поручай, я сама присмотрю за ними зимой. И если дело обернётся так, что за зиму ты наловишь рыбы больше, чем сможешь увезти на своих лошадях, оставшееся навьючь на мою лошадь – она будет ждать тебя вместе с твоими. Я буду рада вяленой рыбе.
Йоун обещал следовать всем её советам и рано утром покинул пещеру. Расстались они друзьями. О дальнейшей поездке Йоуна нечего говорить, пока он не прибыл в Ландэйясанд. Последние суда были уже готовы к отплытию. Йоун спрыгнул с седла и стреножил лошадей тут же на берегу, однако не попросил никого за ними приглядеть. Люди насмехались над Йоуном.
– Смотри, как бы к концу лова твои клячи не разжирели от такого корма! – кричали они.
Но Йоун не обращал внимания на эти шутки и делал вид, будто не слышит их. С последним судном он уплыл на острова. Там и в самом деле на всех шхунах команды были давно уже набраны, и Йоун не нашёл ни одного свободного места. Наконец он пришёл к старику, про которого говорила великанша, и попросился к нему на бот. Старик наотрез отказался взять Йоуна к себе.
– Не будет тебе проку от этого, – сказал он. – Ведь я не то что рыбы – рыбьего хвоста не выловлю. Посудина у меня ненадёжная, гребцы никудышные. В море мы выходим только в штиль. Негоже крепкому парню связываться с такой компанией.
Но Йоун ответил, что в случае неудачи будет пенять только на себя, и уговаривал старика, пока тот не согласился его взять.
Он перебрался на бот к старику, и люди, полагавшие, что ему не слишком-то повезло с наймом, ещё пуще потешались над ним.
Начался лов. Однажды утром старик с Йоуном увидели, что все суда уже вышли в море. Погода стояла тихая и безветренная.
Старик сказал:
– Уж и не знаю, стоит ли нам нынче пытать судьбу. По-моему, не будет нам удачи.
– Избыток не убыток, – ответил Йоун.
Надели они рыбацкие робы и вышли в море. Недалеко от причала Йоун увидел скалу, о которой ему говорила великанша, и предложил старику дальше не плыть, а попытать счастья в этом месте.
Изумился старик:
– Здесь место пустое, – сказал он, – нечего и стараться.
Однако Йоун попросил разрешения всё-таки закинуть лесу для пробы, и старик согласился. Закинул Йоун лесу, и на крючок сразу попалась рыба. Тогда он отдал старику второй крючок, подаренный скессой, и они стали удить. В тот день они трижды возвращались на берег с полным ботом рыбы. К прибытию остальных рыбаков у них была уже вычищена большая часть улова. Рыбаки только рты разинули. Стали они спрашивать старика, где он наловил такую пропасть рыбы, и он рассказал им всё как было.
На другой день спозаранок все рыбаки собрались у той скалы, да только ни один не поймал ни рыбёшки. Тогда они двинулись дальше, а старик с Йоуном приплыли на своё место и стали ловить, как накануне. Всю зиму рыбачили они у скалы, и ни у кого на островах не было такого богатого улова.
Теперь следует рассказать, что Йоун возвращался в Ландэйясанд на том же судне, на котором осенью приплыл на острова. Всю дорогу матросы потешались над ним, вспоминая, как он обошёлся со своими лошадьми. Когда судно пристало к берегу, лошади стояли на том же месте, где Йоун их оставил. Все с любопытством уставились на них – вид у лошадей был такой, будто всю зиму их кормили отборным овсом. Вместе с ними стояла красивая вороная лошадь под вьючным седлом. Спутники Йоуна оторопели, приняв его за всемогущего колдуна.
А Йоун невозмутимо навьючил рыбу на лошадей и отправился домой. Следует сказать, что на одну вороную он навьючил столько же, сколько на двух своих. О его поездке нечего рассказать, пока он не добрался до пещеры, где жила великанша. Она приветливо встретила Йоуна, он отдал ей рыбу, что была навьючена на вороную, и прогостил у неё несколько дней.
Скесса поведала Йоуну, что ждёт его впереди.
– Ты проживёшь всю жизнь на родительском хуторе, и тебе во всём будет сопутствовать удача, – сказала скесса. – И нынешним летом ты женишься.
Потом она отвела Йоуна в боковую пещеру, где стояли два сундука со всякими драгоценностями. Сундуки эти вместе с вороной лошадью скесса подарила Йоуну.
– Вороная лошадь довезёт тебя до самого дома, – сказала скесса. – Тебе не придётся пересёдлывать её в пути.
Они расстались друзьями. Сбылись её предсказания насчет его свадьбы – в начале лета он взял в жёны дочь крестьянина из своего же прихода. С тех пор Йоун долго и счастливо жил на земле своих предков, он был очень богат и удачлив, и люди почитали его.
Скесса и рыбак
Как то раз один северянин отправился пополнить свои запасы на Южный Мыс. Он поехал кратчайшим путём мимо Пустоши Орлиного Озера, и случился туман с непогодой, и он заплутал и не знал, где он. Перед ним оказались ледники и бездорожье.
Наконец, он нашёл в скалах пещеру, в которую он вошёл, и подумал, что теперь всё закончится хорошо. Он снял поклажу и дал своим лошадям сено. Потом он пошёл разведать дальше и впереди себя увидел свет и услышал страшный вой.
Объятый ужасом, он пошёл рассмотреть поближе. Увидел он горшок на очаге и некрасивое дитя в плохой постели. Увидел он горшок на очаге и некрасивое дитя в плохой постели. Он вернулся назад, развязал свою котомку, взял кусок мяса и принёс ребёнку. Тот начал грызть мясо и замолчал.
Рыбак пошёл к своим лошадям. Тогда вход в пещеру что то заслонило, и он испугался. Туда вошла огромная скесса с большой связкой форели на спине, прошла мимо лошадей, скинула с себя ношу куда попало и бросилась к ребёнку. Она вернулась успокоенная, поблагодарила его за своего ребёнка и предложила ему пойти ближе к теплу и побеседовать. Он так и сделал.
Взяла тогда женщина целую форель и положила её в горшок. Он сказал ей, что она поступает неправильно, взял одну форель, выпотрошил её и, порубив на куски, бросил в горшок. Она сказала, что у неё нет ничего режущего; он подарил ей свой рыбный нож, и она так ему обрадовалась, будто тот был из золота.
Когда вода закипела, она угостила его форелью и сказала, что вынуждена ловить рыбу каждый день, потому что ей больше не на что жить.
Так он был вместе с ней три ночи и потом начал собираться в дорогу. Женщина сказала ему, что грядёт суровая зима, и чтобы он – когда прийдёт на Южный Мыс – выпустил своих коней в одном месте, которое она указала, и не вспоминал о них до Крестового Дня, тогда он должен прийти за ними на то же место.
Он сделал так и нашёл их такими отъевшимися, что не нашлось бы коней толще, даже если бы их кормили возле дома.
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
| ||
Узнай стоимость своей работыБесплатная оценка заказа! |
Исландская сказка | Гилитрутт
Жил в давние времена один молодой работящий крестьянин. Был у него свой хутор с обширными пастбищами и много-много овец. И вот он женился. Жена ему, на беду, попалась бездельница и лентяйка. Целыми днями она била баклуши, даже обед мужу и то ленилась приготовить. И муж ничего не мог с ней поделать.
Однажды осенью приносит он жене большой мешок шерсти и велит за зиму спрясть всю шерсть и выткать из нее сермягу. Жена даже не взглянула на шерсть. Время идет, а она и не думает приниматься за работу. Хозяин нет-нет да и напомнит ей про шерсть, только она и ухом не ведет.
Как-то раз пришла к хозяйке огромная безобразная старуха и попросила помочь ей.
— Я тебе помогу, но и ты должна оказать мне одну услугу,— отвечает хозяйка.
— Это справедливо, — согласилась старуха.— А что я должна для тебя сделать
— Спрясть шерсть и выткать из нее сермягу, — отвечает хозяйка.
— Давай сюда свою шерсть! — говорит старуха. Хозяйка притащила весь мешок. Старуха вскинула
его на плечо, как пушинку, и говорит:
— По весне я принесу тебе сермягу!
— А как я с тобой расплачусь — спрашивает хозяйка.
— Ну, это пустяки! — отвечает старуха. — Ты! должна будешь с трех раз угадать мое имя. Угадаешь, и ладно, больше мне ничего не нужно.
Хозяйка согласилась на это условие, и старуха ушла.
В конце зимы хозяин снова спросил у жены про шерсть.
— Не тревожься, — отвечает жена. — Сермяга в срок будет готова.
Хозяин промолчал, но заподозрил неладное.
Меж тем зима шла на убыль, и вот замечает хозяин, что его жена с каждым днем становится все мрачнее и мрачнее. Видно, что она чего-то боится.
Стал он у нее выпытывать, чего она боится, и в конце концов она рассказала ему всю правду — и про огромную старуху, и про шерсть. Хозяин так и обомлел.
— Вот, глупая, что наделала! — сказал он.— Ведь то была не простая старуха, а скесса-великанша, что живет здесь в горах. Теперь ты в ее власти, добром она тебя не отпустит.
Как-то раз пошел хозяин в горы и набрел там на груду камней. Сперва он ее даже не заметил. И вдруг слышит: стучит что-то в каменной груде. Подкрался он поближе, наглел щель между камнями и заглянул внутрь.
Смотрит: сидит за ткацким станком огромная безобразная старуха, гоняет челнок и поет себе под нос:
Ха-ха-ха! Никто не знает, как меня зовут! Хо-хо-хо! Никто не знает, что имя мое Гилитрутт!
И ткет себе да ткет.
Смекнул хозяин, что это та самая скесса, которая приходила к его жене. Побежал он домой и записал ее имя, только жене об этом ничего не сказал.
А тем временем жена его от тоски да от страха уже и с постели подниматься перестала. Пожалел ее хозяин и отдал ей бумажку, на которой было записано имя великанши. Обрадовалась жена, а все равно тревога ее не отпускает, боязно, что имя окажется не то.
И вот наступила весна. Хозяйка попросила мужа не уходить из дома, но он ей сказал:
— Ну, нет. Ты без меня со скессой столковалась, без меня и расплачивайся. — И ушел.
Осталась хозяйка дома одна. Вдруг земля затряслась от чьих-то тяжелых шагов. Это явилась скесса. Хозяйке она показалась еще больше и безобразнее, чем прежде. Швырнула скесса на пол кусок сермяги и закричала громовым голосом:
— Ну, хозяйка, говори, как меня зовут!
— Сигни,— отвечает хозяйка, а у самой голос так и дрожит.
— Может, Сигни, а может, и нет, попробуй-ка Угадать еще разок!
— Оса,— говорит хозяйка.
— Может, Оса, а может, и нет, попробуй-ка угадать в третий раз!
— Тогда не иначе как Гилитрутт! — сказала! хозяйка.
Услыхала скесса свое имя и от удивления рухнула на пол, так что весь дом затрясся. Правда, она тут же вскочила и убралась восвояси. С той поры в тех краях никто ее не видал.
А уж жена крестьянина была рада-радешенька, что избавилась от скессы. И с того дня ее будто подменили, такая она стала добрая и работящая. И всегда сама ткала сермягу из шерсти, которую осенью приносил муж.
Один крестьянин, добрый знакомый пастора Эйрика, возвращался как-то весной из Ньярдвика после зимнего лова рыбы. Ехал он верхом, лощадь всю зиму держал он при себе. По пути он заехал в Вохсоус к пастору Эйрику.
В Гримстунге жил был пастух, шустрый и работящий. Один раз он недосчитался овец, пошёл искать их на пустошь и нашёл, но в то же время он увидел бегущую к нему тролля скессу. Она быстро приблизилась к нему, схватила и отнесла его в своё логово.
SKESA: стратегическое расширение k-mer для тщательного монтажа | Genome Biology
Мы представляем дизайн алгоритма для SKESA, некоторые важные детали реализации, дизайн наборов тестов, используемых для сравнения времени выполнения и качества сборки, а также командные строки, используемые для выполнения запусков. Мы сравниваем SKESA с SPAdes v3.11.1 и MegaHit v1.1.2. Оценка качества сборки проводилась с помощью QUAST. Мы пытались использовать misFinder [45] и ReMILO [46], но ни один из них не работал надежно. Когда работали misFinder или ReMILO, результаты были аналогичны результатам QUAST.
Разработка алгоритма для SKESA
Блок-схема, описывающая основные модули SKESA, показана на рис. 4. Помимо чтения ввода и записи вывода, четыре основные части алгоритма SKESA следующие:
Обрезка чтений.
Рис. 4Блок-схема SKESA: блок-схема, описывающая основные шаги в алгоритме, используемом SKESA для сборки
Обнаружение параметров: пользователь должен указать вариант, будут ли считывания парными или одиночными, а также доступные вычислительные ресурсы.Все остальные параметры определяются внутри SKESA, если явно не указано иное.
Сборка с использованием определенного размера k-mer: на каждой итерации процесс сборки использует граф ДеБрюйна для этого размера k-mer и пустой или текущий набор контигов. Используются несколько размеров k-mer. Короткие k-мерки могут собирать области генома с низким охватом, в то время как длинные k-меры могут разрешать повторы.
Маркировка чтений: этот модуль определяет чтения, которые израсходованы на и больше не нужны для будущих итераций.
После усечения чтений остальная часть процесса SKESA использует только усеченные чтения, и мы перегружаем «чтение», чтобы обозначить усеченные чтения после этого шага. Если вход имеет парные чтения, после итерации с использованием k-мер до длины сопряжения, любое считывание, все еще доступное для сборки, имеет мини-сборку, выполняющую свои сопряжения как концы контигов. Собранные чтения используются для создания трех наборов k-мер, которые длиннее размера сопряжения и достигают ожидаемого размера вставки.SKESA не выполняет явного исправления ошибок чтения, поскольку эвристика SKESA может обрабатывать ошибки в типичном наборе чтения illumina. Далее мы опишем каждый из пяти модулей.
Обрезка считывания
Размер 19 K-мер используется для подсчета частоты k-мер в наборе для считывания. Если k-мер присутствует по крайней мере в V f части считываний (по умолчанию 0,05), он считается подозрительным и используется для обрезки считываний. Начиная с первого k-mer в мате и проверяя все последовательные k-mers, первое появление k-mer, помеченного как подозреваемое, обрезает остальную часть помощника.
Обнаружение параметров
SKESA строит гистограмму для частоты k-мер при минимальной длине k-мер K мин (по умолчанию 21), видимой в усеченных чтениях. Используя гистограмму, он определяет пик, где распределение вокруг пика, вероятно, соответствует k-мерам из собираемого генома. Это распределение используется для оценки размера генома G . Если пик не обнаружен, то 80% всего распределения используется в качестве оценки G .Наличие дополнительных пиков и распределения вокруг этих пиков обычно обусловлены шумом, повторами или плазмидами. Например, рис. 5 и 6 – две части гистограммы для SRR2821438, полученной с 21-мером. На рисунке 5 показан шум и распределение для k-мер из генома, а на рисунке 6 показаны два пика, которые имеют гораздо большее количество k-мер, но относительно небольшое количество k-мер по сравнению с распределениями на рисунке 5.
Рис. 5Основное распределение в SRR2821438: гистограмма для частоты 21-мера, наблюдаемого в SRR2821438, со счетами по оси X до 400 и количеством 21-меров с этим счетом по оси Y
Рис.6Небольшие распределения в SRR2821438: гистограмма для частоты 21-мера, наблюдаемого в SRR2821438, со счетами по оси X между 325 и 2000 и количеством 21-меров с этим счетом по оси Y
Для учета большего шума в наборах чтения с большим охватом минимальное количество частот, C мин вычисляется как м a x (2, T / ( G ∗ 50)), где T – это общая длина чтения.Все k-меры с количеством меньше минимального игнорируются в сборке. Программа также вычисляет C max как м a x (10, T / ( G ∗ 10)). Выбор длины k-mer производится SKESA с использованием K min , количества шагов S (по умолчанию 11) и максимальной длины k-mer K max , где K max определяется с использованием среднего значения всех длин сопряжения A , чтения и количества k-мер. K max изначально установлено на A читать . Если среднее количество k-мер при текущем K max ниже желаемого количества C max , то K max итеративно уменьшается на A читать /25 баз, пока не будет найдено K max со средним числом не менее C max .Если K max больше чем в 1,5 раза K min , то S −2 дополнительных k-мера между K min и K max выбраны. Это нечетные целые числа, распределенные равномерно. В противном случае для сборки используется только K min , и выводится предупреждение о том, что итерации отключены.
Для парных прогонов, если размер вставки I не указан, то он оценивается с использованием случайной выборки из 10 000 считываний.Однозначная сборка для каждого из этих считываний с двумя сопряжениями в качестве концов контигов предпринимается с использованием K min . По длине собранных считывателей оценивается размер вставки I . Для дополнительных итераций добавлены три дополнительных размера k-mer: 1,25 K max , (1,25 K max + I ) / 2 и I . Программа также использует 3 I как максимальный размер вставки , ожидаемый для любого чтения.
Сборка с использованием определенного размера k-mer
KГенерируются все k-меры длины K с частотой не менее C min . Если обнаруживается главный пик на гистограмме частоты генерируемых k-мер, левый нижний конец распределения вокруг основного пика называется долиной для итерации, и используются только k-меры со счетом выше впадины. для запуска новых контигов. Если на гистограмме не обнаружено основного пика, долина устанавливается на ноль.
На любом этапе попытка расширить конец контига следующей базой приводит к трем возможностям: (i) расширение k-mer невозможно, (ii) возможно только одно расширение k-mer, или (iii ) есть альтернативные варианты. В первом случае достигнут конец контига и дальнейшее расширение невозможно. Во втором случае контиг расширяется на одну основу только в том случае, если расширение от нового k-мера, полученного добавлением основания к предыдущему k-меру (последний k-мер конца контига), также возможно с использованием те же критерии, которые использовались для перехода от предыдущего к-мера к новому к-меру.В третьем случае все варианты выбора со счетчиками ниже порога для расширения (по умолчанию 0,1) относительно максимального количества для любого выбора рассматриваются как шум и отбрасываются. Если эта фильтрация на основе подсчета выдерживает более одного варианта расширения, оцениваются потенциальные сигнатуры систематических ошибок, специфичных для цепей Illumina. Программа делает это, сравнивая результаты подсчета на обеих нитях. Если есть выбор со сбалансированными счетами на обеих нитях, все варианты со счетами, наблюдаемыми преимущественно в одной нити, отбрасываются.Если более одного варианта расширения выдерживают эту фильтрацию на основе цепей, каждый вариант используется для поиска путей, которые расширяются максимум на м a x (100, K ) шагов. Если выживает только один путь, то он сохраняется, а другие удаляются как тупики. Если выживает более одного пути, создается разрыв контига. Когда контиг достигает стадии, когда расширение уже невозможно, последние k-мерные основания удаляются, чтобы гарантировать, что построенная последовательность была проверена сборкой с обоих направлений.
В процессе расширения контига предположим, что контиг C расширяется базой b , в результате получается последний k-mer L в C , который включает b . Программа проверяет, присутствует ли уже L в каком-либо контиге D . Если такого D не существует, C расширяется с помощью L . Если такой D существует и L находится в конце D , программа объединяет C и D .В противном случае C не расширяется. Это гарантирует, что ни один k-мер не будет включен более одного раза в собранные контиги в итерации для этого k-mer.
Маркировка считываний как использованных
После каждой итерации считывания, у которых k-мер находится глубже, чем буферная зона M внутри контига, помечаются как использованные , поскольку они не могут вносить новую информацию. Значение M составляет I +50+ F , где фланг F установлен на K max если считывания удаляются, это входные считывания, а не те, которые собраны в пару для генерации k -меры больше, чем размер товарища.В противном случае F устанавливается в ноль.
Подключение парных чтений
Если ввод предназначен для парных чтений, после итераций с использованием k-мер до длины сопряжения программа пытается однозначно соединить чтения, которые не помечены как используемые. Начиная от последнего k-мер первого сопряжения до первого k-мер второго сопряжения, собираются все пути до максимального размера вставки. Точно так же предпринимается попытка сборки из обратного дополнения первого k-мер второго помощника в обратное дополнение последнего k-мер первого помощника.Если оба образуют только один путь и последовательность одинакова для обоих путей (за исключением обратного дополнения), собранная последовательность используется для генерации более длинных k-мер. Для пар, находящихся внутри буферной зоны M , последовательность из контига используется для генерации длинных k-мер.
Реализация
Зависимости
SKESA использует свободно доступную библиотеку Boost [47]. Если для получения чтений требуется прямой доступ к SRA, тогда также необходима библиотека инструментария SRA.Для k-мер используется реализация длинных целых чисел из [48], которая включена в пакет SKESA.
Подсчет и поиск K-мер
Для подсчета k-мер реализованы две опции. По умолчанию все k-меры из всех чтений генерируются и подсчитываются после сортировки. Если доступной памяти недостаточно для хранения k-мер от всех чтений, то используется хеш-функция для определения меньших пакетов k-мер для обработки из всех чтений в несколько раундов. В каждом раунде отбрасываются k-меры, не соответствующие пороговому значению C min .Второй метод использует хеш-таблицу и фильтр Блума [49], чтобы отфильтровать k-мер, количество которых меньше порогового значения C min . Небольшое количество k-мер ниже порога C min , не обнаруженного фильтром Блума, удаляются позже. Как правило, метод, использующий фильтр Блума, потребляет меньше памяти во время подсчета, но результирующая хеш-таблица больше, чем метод по умолчанию, который использует отсортированный массив для подсчета.
Для поиска k-мер, двоичный поиск используется для поиска k-мер, когда они хранятся в отсортированном массиве. Во второй реализации, использующей хеш-таблицу, поиск k-mer использует хеш-функцию для непосредственного поиска индекса в хеш-таблице.
Многопоточность
Все этапы реализации SKESA являются высокопоточными. Промежуточные или временные выходные данные не создаются, чтобы снизить нагрузку на пропускную способность хранилища, когда запуски выполняются с большим количеством доступных вычислительных узлов.
Для подсчета k-мер с использованием сортировки используется хеш-функция для разделения сгенерированных k-мер на неперекрывающиеся интервалы. Каждая корзина сортируется и подсчитывается отдельным потоком. Отсортированные и подсчитанные ячейки впоследствии объединяются. И фильтр Блума, и хеш-таблица реализованы в виде структур без блокировки с использованием аппаратной операции сравнения и замены (CAS).
Процесс сборки разработан таким образом, чтобы не включать один и тот же k-мер в разные контиги в итерации для этого размера k-mer. Для этого каждый k-мер в графе ДеБрюйна имеет свободную от блокировок атомарную переменную.Когда k-мер используется в контиге, эта переменная устанавливается, и это предотвращает дальнейшее использование k-мер.
Во время многопоточной операции несколько потоков могут начать сборку одного и того же контига из разных начальных k-мер. Однако в какой-то момент они столкнутся с k-мером, который остановит дальнейшую сборку, что приведет к образованию фрагментов контига. После каждой итерации все собранные последовательности анализируются и соответствующим образом связываются друг с другом, чтобы учесть это столкновение. Если контиг соединяется сам с собой, это распознается, и контиг отмечается как круговой.
Многопоточность приводит к случайной ориентации контигов. Круговые контиги также имеют случайные точки останова. После каждой итерации сохраняется только контиг или его обратное дополнение в зависимости от того, какой из них начинается с меньшего k-мера в лексикографическом порядке. Каждый круговой контиг и его обратное дополнение проверяются на наличие наименьшего k-мер, и этот k-мер выбирается в качестве точки останова. Затем все контиги сортируются. Эти шаги гарантируют, что каждая итерация начинается с одного и того же состояния независимо от количества ядер и памяти, используемых для сборки.
Вывод
Отсортированные в алфавитном порядке собранные контиги выводятся в виде файла FASTA. Каждому контигу присваивается имя в формате Contig_N_C, где N – это порядковый номер контига, начинающийся с единицы, а C – это среднее значение числа k-мер в контиге с размером k-mer K min . Если контиг был распознан как круговой, к имени контига добавляется суффикс _Circ.
Тестовые наборы и критерии тестирования для сравнения
Пять наборов микробных тестов использовались для сравнения сборщиков: набор времени выполнения , охватывающий диапазон видов микробов, набор тестов , где доступны эталонная сборка и считывания для того же образца, случайный набор наборов считываний из SRA для четырех видов микробов, набор загрязнений , где загрязнение вносится на разных уровнях, и подстрок набор , где все подстроки генома различной длины использовались в качестве входных считываний.Мы использовали QUAST для вычисления количества ошибок сборки и несовпадений на сто килобаз эталонной сборки. Смежность сборки оценивали с использованием критерия N50. Несоответствие монтажной длины было оценено как L R + L A −2 ∗ C RA , где L R – длина базовой сборки, L A – это длина тестируемого узла, а C RA – длина, указанная QUAST как выровненная между A и R .Далее описывается состав наборов тестов [41] и их использование для различных критериев тестирования.
Набор времени выполнения
Набор времени выполнения, показанный в таблице 6, состоит из 56 наборов считываний, представляющих 34 вида микробов. Этот набор был выбран командой PDP из FDA-ARGOS, доступной в мае 2016 года и публикациями. Что касается времени выполнения, каждый набор для чтения запускался три раза с тремя различными настройками количества ядер и памяти. Используемые настройки: 4 ядра и 16 ГБ, 8 ядер и 32 ГБ, 12 ядер и 32 ГБ.Прогоны выполнялись на CentoS 7.
Таблица 6 Циклы и виды для тестирования производительности времени работыНабор тестов
FDA-ARGOS имел 403 набора считываний с последовательностью считываний с использованием Illumina и сборкой хорошего качества в GenBank в марте 2018 г. Из них SPAdes не смогли произвести сборку на 18 комплектов для чтения. Для четырех наборов чтения (SRR2814770, SRR2820671, SRR5413268 и SRR5866647) QUAST сообщил о более чем 10 несовпадениях на 100 КБ для всех методов сборки. Мы показываем результаты оценки качества, используя оставшиеся 381 набор для чтения.
Случайный набор
Четыре наиболее распространенных вида патогенов пищевого происхождения – это Salmonella Enterica, Listeria Monocytogenes, Escherichia coli и Shigella и Campylobacter . Из SRA мы случайным образом выбрали 5500 наборов считываний этих видов, секвенированных на машинах Illumina, отсортировали их по количеству оснований в считывании и отбросили 250 запусков с наименьшим и наибольшим числом оснований. Остальные 5000 наборов считываний, используемых в качестве случайного набора, включают 3306 Salmonella, 428 Listeria, 773 Escherichia, 148 Shigella и 345 Campylobacter.Эти наборы использовались для проверки смежности сборок. Прогоны для случайного набора выполнялись в неконтролируемой среде на вычислительной ферме. Отметим, что время ЦП, сообщенное вычислительной фермой (данные не показаны) для этих 5000 наборов операций чтения, подтверждают производительность времени выполнения, представленную в таблице 1.
Набор для заражения
Парные считывания были сгенерированы из Salmonella typhimurium , штамм LT2 (NC_003197) .1) случайным образом покрывает геном в 60 раз. Для добавления загрязнения тот же эталонный геном был случайным образом мутирован на 0.1% позиций. Считывания из мутированного генома с охватом 3 ×, 6 ×, 9 ×, 12 × и 15 × были добавлены к чистому набору для создания шести смоделированных наборов для тестирования эффекта загрязнения в диапазоне от отсутствия загрязнения до одной пятой считываний. исходящий из измененной ссылки. Все сгенерированные считывания имели спаривания длиной 150 п.н. и размером вставки 300 п.н. Эти наборы использовались для оценки качества последовательностей и поведения смежности на разных уровнях загрязнения.
Набор подстрок
Единичные считывания были получены из штамма Salmonella Typhimurium LT2 (NC_003197.1), где для каждого значения K от 22 до 152 все подстроки этой длины использовались как входные чтения для сборки. Было сгенерировано одно считывание на пару оснований генома, что привело к охвату К для набора считываний, созданного с длиной подстроки К . Подстроки, созданные в четных положениях эталонного генома, были обратно дополнены. Таким образом, этот тест варьировался по длине и охвату, но не выявил никаких ошибок. Эти наборы использовались для оценки качества последовательности и поведения смежности на разных уровнях покрытия и длины чтения.
Команды для программ
Для выполнения прогонов, сравнивающих производительность различного программного обеспечения, использовались значения по умолчанию, за исключением параметров, определяющих допустимое количество ядер и памяти. Для SKESA также был задан флаг, указывающий, что чтения являются парными. Командные строки, скажем, для запуска SRR498276 для SKESA, SPAdes и MegaHit следующие:
Для SKESA, если доступен прямой доступ SRA, вместо этого можно сделать следующее:
Для набора подстрок, который имеет одиночные чтения, опция use_paired_ends не указана для запусков SKESA, а опция only_assembler указана для запусков SPAdes.
Для SKESA мы рекомендуем предоставить 16 ГБ памяти и использовать значения по умолчанию, чтобы можно было внутренне настраивать параметры для достижения наилучших результатов. Дополнительные параметры доступны для пользователей, которые могут пожелать использовать SKESA для нестандартных приложений или понять поведение SKESA.
Стратегическое расширение k-mer для скрупулезной сборки
Souvorov et al. Геномная биология (2018) 19: 153 Страница 12 из 13
[44]. Исходный код SKESA является общедоступным для использования за исключением
связанного стороннего кода.Сторонний код, содержащийся в выпуске SKESA
, доступен под лицензией GNU GPLv3, подробности см. Https://github.com/ncbi/SKESA/blob/
master / LICENSE.
Вклад авторов
AS разработал программное обеспечение. RA провела тестирование и помогла AS в принятии некоторых проектных решений
. DL задумал и руководил проектом. Все авторы прочитали и
одобрили окончательную рукопись.
Одобрение этических норм и согласие на участие
Не применимо.
Согласие на публикацию
Не применимо.
Конкурирующие интересы
Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих интересов.
Примечание издателя
Springer Nature остается нейтральным в отношении юрисдикционных претензий на опубликованных картах
и институциональной принадлежности.
Сведения об авторе
1NCBI / NLM / NIH / DHHS, 8600 Rockville Pike, Bethesda, MD 20894, USA.
2Impossible Foods, possiblefoods.com, Redwood City, CA 94063, США.
Получено: 8 мая 2018 г. Принято: 12 сентября 2018 г.
Источники
1. Lugli GA, Milani L, Cand M, van Sinderen D, Ventura M. Megannotator: удобный для пользователя конвейер для сборки и аннотации микробных геномов
.
FEMS Microbiol Lett. 2016; 363 (7). https://doi.org/10.1093/femsle/fnw049.
2. Пина-Мартинс Ф, Виейра Б.М., Сибра С.Г., Батиста Д., Паулу О.С. 4pipe4 – конвейер анализа данных 454
для обнаружения SNP в наборах данных без ссылочной последовательности
или информации о деформации.BMC Bioinformatics. 2016; 17:41. https: //
doi.org/10.1186/s12859-016-0892-1.
3. Лай Б., Ван Ф, Ван Х, Дуань Л., Чжу Х. Intemap: интегрированный конвейер метагеномной сборки
для коротких чтений NGS. BMC Bioinformatics.
2015; 16: 244. https://doi.org/10.1186/s12859-015-0686-x.
4. Wolfinger MT, Fallmann J, Eggenhofer F, Amman F. Viennangs: набор инструментов
для создания эффективных конвейеров секвенирования следующего поколения для анализа.
F1000 Рез.2015; 4:50. https://doi.org/10.12688/f1000research.6157.2.
5. Тритт А., Эйзен Дж. А., Фаччиотти М. Т., Дарлинг А. Э. Интегрированный конвейер для сборки микробных геномов de
novo. PLoS One. 2012; 7 (9): 42304. https: //
doi.org/10.1371/journal.pone.0042304.
6. Сяо В., Ву Л., Явас Г., Симонян В., Нин Б., Хун Х. Проблемы,
Решенияи показатели качества сборки личного генома в продвижении точной медицины
. Фармацевтика. 2016; 8 (2).https://doi.org/10.3390/
фармацевтика8020015.
7. О GMI – видение и цели. http: //www.globalmicrobialidentifier.
org / about-gmi / видение и цели.
8. Allard MW, Strain E, Melka D, Bunning K, Musser SM, et al. Практическая ценность
прослеживаемости пищевых патогенов посредством создания сети и базы данных полногеномного секвенирования
. J Clin Microbiol. 2016. 54 (8): 1975–83.
9. ден Баккер Х.С., Аллард М.В., Бопп Д., Браун Е.В., Фонтана Дж. И др.Быстрое полногеномное секвенирование
для наблюдения за Salmonella enterica
серовар Enteritidis. Emerg Infect Dis. 2014. 20 (8): 1306–14.
10. Сниткин Е.С., Желязный А.М., Томас П.Дж., Сток Ф, Программа NCS и др. Отслеживание
больничной вспышки устойчивой к карбапенемам Klebsiella pneumoniae с помощью полногеномного секвенирования
. Sci Transl Med. 2012; 4 (148). https://doi.org/
10.1126 / scitranslmed.3004129.
11. Jackson BR, Tarr C, Strain E, Jackson KA, Conrad A, et al.Внедрение
общенационального секвенирования всего генома в реальном времени для улучшения выявления и расследования вспышек листериоза
. Clin Infect Dis. 2016; 63 (3): 380–6.
12. Ван Дуин Д., Перес Ф., Рудин С.Д., Кобер Э., Ханрахан Дж. И др. Эпиднадзор
устойчивых к карбапенемам Klebsiella pneumoniae: отслеживание молекулярной эпидемиологии
и результатов через региональную сеть. Antimicrob
Agents Chemother. 2014. 58 (7): 4035–41.
13. Кац Л.С., Грисволд Т., Уильямс-Ньюкирк А.Дж., Вагнер Д., Петкау А. и др.Сравнительный анализ
филогеномного конвейера Lyve-Set для геномной
эпидемиологии патогенов пищевого происхождения. Front Microbiol. 2017; 8. https: //
doi.org/10.3389/fmicb.2017.00375.
14. Лют С., Сильвия К., Саша А.Д. Секвенирование всего генома как инструмент типирования
для пищевых патогенов, таких как Listeria monocytogenes – путь к глобальной гармонизации
и обмену данными. Trends Food Sci Technol.
2018; 73: 67–75.
15.Sekse C, Holst-Jensen A, Dobrindt U, Johannessen GS, Li W, Spilsberg B,
Shi J. Высокопроизводительное секвенирование для обнаружения патогенов пищевого происхождения.
Передняя микробиол. 2017; 8. https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.02029.
16. Аллард М.В., Белл Р., Феррейра С.М., Гонсалес-Эскалона Н., Хоффманн М. и др.
Геномика пищевых патогенов для микробной безопасности пищевых продуктов. Curr Opin
Biotechnol. 2018; 49: 224–9.
17. Мичем Ф., Боффелли Д., Дахби Дж., Мартин Д.И., Зингер М., Пачтер Л.
Выявление и исправление систематической ошибки в высокопроизводительных данных последовательности
. BMC Bioinformatics. 2011; 12. https://doi.org/10.1186/
1471-2105-12-451.
18. Лаенеманн Д., Боркхард А., Макхарди А.С. Denoising DNA deep
секвенирование данных – высокопроизводительные ошибки секвенирования и их исправление
. Краткий биоинформ. 2016; 17 (1): 154–79.
19. Диагностика на основе секвенирования нового поколения инфекционных заболеваний
Устройства: идентификация микробов и обнаружение устойчивости к противомикробным препаратам
и маркеры вирулентности.https://www.fda.gov/downloads/MedicalDevices/
DeviceRegulationandGuidance / GuidanceDocuments / UCM500441.pdf.
20. Руководство по системе MiSeq ©. https://support.illumina.com/content/dam/
illumina-support / documents / documentation / system_documentation /
miseq / miseq-system- guide-for-local- run-manager-15027617-04.pdf.
21. Луо Р., Лю Б., Се И, Ли З, Хуанг В. и др. Soapdenovo2: эмпирически улучшенный
ассемблер de novo с эффективным использованием памяти для короткого чтения.Gigascience.
2012; 1 (1): 18. https://doi.org/10.1186/2047-217X- 1-18.
22. Зербино Д.Р., Бирни Э. Велвет: алгоритмы для de novo сборки короткого чтения
с использованием графов де Брейна. Genome Res. 2008. 18 (5): 821–9. https://doi.org/10.
1101 / гр 074492.107.
23. Зимин А.В., Марсаис Г., Пуйу Д., Робертс М., Зальцберг С.Л., Йорк Дж. Ассемблер генома
MaSuRCA. Биоинформатика. 2013. 29 (21): 2669–77.
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt476.
24. Банкевич А., Нурк С., Антипов Д., Гуревич А.А., Дворкин М. и др. Spades: новый алгоритм сборки генома
и его приложения для секвенирования одной клетки
. J Comput Biol. 2012; 19 (5): 455–77. https://doi.org/10.1089/
куб.2012.0021.
25. Maccallum I, Przybylski D, Gnerre S, Burton J, Shlyakhter I, et al. Allpaths
2: небольшие геномы собраны точно и с высокой непрерывностью из
коротких парных чтений. Genome Biol.2009. 10 (10): 1975–83.
26. Зоммер Д.Д., Делчер А.Л., Зальцберг С.Л., Поп М. Минимус: быстрый, легкий сборщик генома
. BMC Bioinformatics. 2007; 8: 64. https: //
doi.org/10.1186/1471-2105- м.
27. Треанген Т.Дж., Корен С., Соммер Д.Д., Лю Б., Астровская И. и др. Metamos: модульный конвейер метагеномной сборки и анализа
с открытым исходным кодом.
Genome Biol. 2013; 14 (1): 2. https://doi.org/10.1186/gb-2013- 14-1- r2.
28. Simpson JT, Wong K, Jackman SD, et al.Abyss: параллельный ассемблер для данных короткой последовательности чтения
. Genome Res. 2009. 19 (6): 1117–23.
29. Сафонова Ю., Банкевич А., Певзнер П.А. dipspades: Ассемблер для
высокополиморфных диплоидных геномов. J Comput Biol. 2015; 22 (6): 528–45. https: //
doi.org/10.1089/cmb.2014.0153.
30. Култима Дж. Р., Коэльо Л. П., Форслунд К., Уэрта-Сепас Дж., Ли С. С. и др. Mocat2: метагеномная сборка
, структура аннотаций и профилирования.
Биоинформатика.2016 г. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw183.
31. Го Х, Ю Н, Дин Х, Ван Дж, Пан Й. Дайм: новая основа для сборки
новых метагеномных последовательностей. J Comput Biol. 2015; 22 (2):
159–77. https://doi.org/10.1089/cmb.2014.0251.
32. Peng Y, Leung HCM, Yiu SM, Chin FYL. Мета-идба: новый ассемблер
для метагеномных данных. Биоинформатика. 2011. 27 (13): 94–101. https: // doi.
org / 10.1093 / bioinformatics / btr216.
33.Афиахаяти, Сато К., Сакакибара Ю. Metavelvet-SL: расширение ассемблера velvet
до метагеномного ассемблера de novo с использованием контролируемого обучения
. ДНК Res. 2015; 22 (1): 69–77. https://doi.org/10.1093/dnares/
dsu041.
34. Haider B, Ahn TH, Bushnell B, Chai J, Copeland A, Pan C. Omega:
перекрывающийся граф de novo ассемблер для метагеномики. Биоинформатика.
2014; 30 (19): 2717–22. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu395.
Содержимое предоставлено Springer Nature, применяются условия использования. Права защищены.
skesa (1) – skesa – тестирование Debian – страницы управления Debian
skesa (1) – skesa – тестирование Debian – страницы управления DebianВыделить для навигации
| SKESA (1) | Пользовательские команды | SKESA (1) |
Общие опции: ¶
- -h [ –help ]
- Создать справочное сообщение
- -v [ – версия ]
- Версия для печати
- – ядер arg (= 0)
- Количество используемых ядер (по умолчанию все) [целое число]
- – память arg (= 32)
- Доступная память (ГБ, только для отсортированного счетчика) [целое число]
- –hash_count
- Использовать хэш-счетчик [флаг]
- –estimated_kmers arg (= 100)
- Расчетное количество уникальных kmers для фильтра Блума (M, только для хеша). счетчик) [целое число]
- –skip_bloom_filter
- Не использовать фильтр цветения; используйте –estimated_kmers в качестве размера хеш-таблицы (только для хеш-счетчика) [флаг]
Опции ввода / вывода: должен быть указан хотя бы один ввод, обеспечивающий чтение для сборки: ¶
- –fasta arg
- Входные файлы fasta (могут использоваться несколько раз для разных запусков) [строка]
- –fastq arg
- Входные файлы fastq (могут использоваться несколько раз для разных запусков) [строка]
- –use_paired_ends
- Указывает, что один (не разделенный запятыми) файл fasta / fastq содержит парные чтения [flag]
- –sra_run arg
- Входное присоединение к запуску sra (может использоваться несколько раз для разных запусков) [строка]
- –contigs_out arg
- Выходной файл для контигов (стандартный вывод, если не указан) [строка]
Варианты сборки: ¶
- –кмер аргумент (= 21)
- Минимальная длина kmer для сборки [целое число]
- –min_count arg
- Минимальное количество кмеров, оставшихся для сравнения альтернативных вариантов [целое число]
- –max_kmer_count arg
- Минимально допустимое среднее количество для оценки максимальной длины кмера в читает [целое число]
- –vector_percent arg (= 0.05)
- Подсчет векторов как часть числа чтения (1. отключает) [float (0,1]]
- –insert_size arg
- Ожидаемый размер вставки для парных чтений (если не указан, будет оценка) [целое число]
- –steps arg (= 11)
- Количество итераций сборки от минимальной до максимальной длины kmer в чтениях [целое число]
- – фракция arg (= 0,1)
- Максимальное отношение шума к сигналу, приемлемое для расширения [float [0,1)]
- –max_snp_len arg (= 150)
- Максимальная длина snp [целое число]
- –min_contig arg (= 200)
- Минимальная длина контига, сообщаемая на выходе [целое число]
- –allow_snps
- Разрешить дополнительный шаг для обнаружения snp [флаг]
Варианты отладки: ¶
- –force_single_ends
- Не использовать информацию о парном конце [flag]
- –seeds arg
- Входной файл с семенами [строка]
- – все arg
- Вывод фаста для каждой итерации [строка]
- –dbg_out arg
- Выходной kmer-файл [строка]
- –hist arg
- Файл гистограммы [строка]
- –connected_reads arg
- Файл для подключенных парных чтений [строка]
Cara Mudah Skesa atau Menggambar Blastoise для Pokemon
Blastoise adalah jenis Pokémon berbentuk kura-kura. Blastoise memiliki tubuh besar berwarna biru, perut berwarna krem. Kedua tangannya memawa meriam air дан menggendong meriam besar di punggungnya, memiliki cangkang yang meliputi seluruh tubuh. Воздух янь келуар дари мериамня мампу мелубанги баджа тебал …..
| Blastoise dari Pokemon |
Кемампуан Алами
Blastoise, seperti Wartortle дан Squirtle, secara alami bisa menembakkan air, meskipun tidak dari mulutnya, dari meriam yang besar, memungkinkan untuk menembakkan air pada kekuatan yang jauh lebih besar.Дари извергает пада cangkangnya, Blastoise dapat menembakkan peluru air dengan akurasi yang luar biasa. Hal ini dapat mencapai target lebih dari seratus enam puluh kaki jauhnya!
Луар биаса я каван, мари кита никмати учебник menggambar Blastoise ян хебат иници.
| Langkah 1. Кара Мудах Менггамбар Blastoise dari Pokemon |
| Лангках Менггэдс 9077 9077 90777 |
| Лангка 3.Cara Mudah Menggambar Blastoise dari Pokemon |
| Langkah 4. Cara Mudah Menggambar Blastoise dari Pokemon |
9077
| Langkah 6. Кара Мудах Менггамбар Blastoise dari Pokemon |
| Cara Mudah Menggambar Blastoise dari Pokemon |
| Langkah 8. |